이 계산기는?
성공적인 Cloning(클로닝)을 위해서는 Vector(운반체)와 Insert(삽입 DNA)의 몰 비율(Molar Ratio)을 최적화하는 것이 매우 중요합니다.
이 계산기는 Vector와 Insert의 크기(bp)와 원하는 몰 비율을 입력하면, Ligation 반응에 필요한 Insert의 질량(ng)을 정확하게 계산해줍니다.
공식
Required Insert Mass (ng) = R × (Insert Size / Vector Size) × Vector Mass
- R: Insert / Vector Molar Ratio (몰 비율)
보통 1:3 또는 1:5 비율 (Vector : Insert)이 권장됩니다.
사용 공식:
(insertSize / vectorSize) * vectorMass * ratio입력 변수 설명
Insert 크기
삽입하려는 DNA 조각의 크기(bp)입니다. PCR 산물이나 제한효소 처리된 DNA 조각의 길이.
Vector 크기
플라스미드 벡터의 전체 크기(bp)입니다. (예: pUC19는 약 2686 bp)
Vector 질량
Ligation 반응에 사용할 벡터의 양(ng)입니다. 보통 50~100 ng을 사용합니다.
Molar Ratio
Vector 1분자 당 Insert 분자의 비율입니다. 보통 3 (1:3 비율)을 많이 사용합니다.
활용 예시
- 3000bp Vector 50ng, 500bp Insert, 비율 3:1 → (500/3000) × 50 × 3 = 25ng Insert 필요
💡 팁: 점착성 말단(Cohesive/Sticky end) Ligation은 1:3 비율, 평활 말단(Blunt end) Ligation은 효율이 낮으므로 1:5 또는 1:10 등 Insert를 더 많이 넣는 비율을 추천합니다.
⚠️ 주의사항
- Self-ligation을 막기 위해 Vector에 CIP(Calf Intestinal Phosphatase) 처리를 하여 5' 인산기를 제거하는 것이 좋습니다.
- Insert 양이 너무 많으면 다중 삽입(Multiple insertion)이 일어날 수 있으니 주의하세요.
💡 자주 묻는 질문
Q왜 Insert를 과량(3배, 5배)으로 넣나요?
A
두 분자가 충돌하여 결합할 확률을 높이기 위해서입니다. Vector가 다시 닫혀버리는(Self-ligation) 확률보다 Insert가 들어갈 확률을 높이려면 Insert가 많아야 유리합니다.
QVector와 Insert의 농도는 어떻게 아나요?
A
전기영동 젤 사진에서 Marker 밴드 밝기와 비교하거나, Nanodrop 또는 Qubit으로 정량하여 알 수 있습니다.
QLigation 반응 시간과 온도는?
A
T4 DNA Ligase의 경우 보통 상온(20-25°C)에서 1-2시간, 혹은 16°C/4°C에서 Overnight 반응을 진행합니다. Blunt end는 더 긴 시간이 필요할 수 있습니다.
왜 이 계산기가 필요한가요?
복잡한 수식을 직접 계산하는 것은 시간이 걸리고 실수가 발생하기 쉽습니다. LabMate의 결정론적 엔진은 검증된 알고리즘을 통해 0.0000000001의 오차도 없는 정확한 결과를 보장합니다.